脚本编程

本页目标为熟悉Amira的界面和操作方式。

从

--大鸟

以下内容最好能打开Amira跟着做。

用户

跳过安装和注册的步骤，直接从例程开始，现在进入Amira的界面:

从File/Open Data读入目录Data/tutorials中的数据lobus.am。数据格式为Amira Mesh格式，是从共聚焦显微镜中得到的果蝇脑光突神经Optical Lobe，在pool窗口出现一个绿色的数据模块。点击（这个词特指鼠标左键单击一个对象）该模块，在pool窗口上部会出现一些常用的快捷模块，在property窗口会出现相应的数据属性：大小；数据类型；坐标类型；体象素voxel尺寸等，在property窗口的右上侧会出现若干编辑按钮，左键单击会弹出属性框，可以对三维数据的显示属性进行操控，再左键单击该编辑按钮一次，属性框就会消失。选中pool窗口的任一模块，然后按del键就可以让他消失。

显示

右击数据模块，会弹出显示模块菜单，选择BoundingBox模块和OrthoSlice模块，在viewer窗口就会出现显示界框和正交切片。左键单击OrthoSlice模块，在property窗口中，拖动Slice Number属性后面的滑标，可以选择显示第几层切片。

将鼠标放到viewer窗口，鼠标会自动变成“小手”，对应于viewer窗口上端一排控制按钮中的第二个：Trackball（建议依次实验所有的按钮）。作为一种缺省的快捷方式：按住鼠标中键，然后拖动物体，等同于Translate按钮；同时按住鼠标的左键和中键，然后上下拖动物体，等同于Zooming按钮。当您的“小手”鼠标在viewer窗口中时，您按下键盘的ESC键，那么“小手”鼠标会变为“箭头”，对应于viewer窗口顶部控制按钮的第一个：Interact，即表示进入了交互模式，在这种模式下，可以通过按住鼠标左键在物体上拖动来显示不同的切片层。

简单的

1、正交切片(orthogonal slices)

承接上面的工作，再连接两个OrthoSlice模块到数据模块上，选择OrthoSlice2的xz平面和OrthoSlice3的yz平面。在viewer窗口用“小手”工具转动3D模型，然后换“箭头”工具切换不同的切片。进一步的操作可以在pool窗口选择更通用的ObliqueSlice模块连接到数据模块上，然后改变一些属性来观察其效果。

2、阈值分割(threshold segmentation)

承接上面的工作，去掉那两个新添加的OrthoSlice模块，点击一下剩余的那个OrthoSlice模块，确认property窗口中的mapping type类型为linear，然后更改Data Window的两个min和max值，边改边看显示反应，最后把两个值都改到85。其他功能更强的强度阈值控制方法是使用数据探针模块，如：PointProbe或LineProbe。

3、重采样(resampling)

承接上面的工作，连接Resample模块到数据模块上，点击该模块，在property窗口中改变resolution的参数值，如：x=64,y=64,z=43。点击右下角那个绿色的Apply按钮，观察效果。那个在pool窗口新出现的绿色数据模块可以通过File/save as to另存起来使用。

4、等值面显示(isosurface)

承接上面的工作，点击OrthoSlice模块，在property窗口中点击左上角的橙色小方块（变为灰色），那是3D显示触发开关(toggle)，连接Isosurface模块到数据模块——lobus.resampled上，点击该模块，在property窗口中改变threshold的参数值，如85，点击右下角那个绿色的Apply按钮，观察效果。您还可以双击（或在鼠标右键单击弹出的菜单中选择）Colormap的颜色条，在弹出的调色板中选择新的颜色。

5、裁减(cropping)

承接上面的工作，选中lobus.Resampled模块，del it. 激活OrthoSlice的显示触发开关（还记得那个橙色的小方块吗？），选中lobus.am模块，点击property窗口右上角的Crop Editor按钮(其图标跟ps中的一致)，在弹出的编辑界面中输入你所期望的坐标范围，或者直接在viewer窗口中用箭头工具拖动哪些绿色的小方块。

6、渲染(rendering)

渲染会比普通的等值面显示要漂亮的多。渲染基于光照下的吸收(absorption)和反射(emission)原理，不同的材质（texture）会体现出不同的渲染效果。在pool窗口中，只保留数据模块，移除其他的模块。将Voltex模块连接到数据模块上，点击该模块，在property窗口中更改Colormap属性的取值范围：22－254。点击右下角那个绿色的Apply按钮，观察效果。