首页
目录 |
生物电子显微技术网络教程(Wiki版)
项目顾问：张景强
作者团队：张勤奋、李鲲鹏、谭玉蓉、黄小俊、崔金明、孙京臣、何键
- 学习目标：本科大三大四进入本实验室实习及可能从事生物超微结构观察的非本专业研究生需要掌握基础课程，本专业硕士生需掌握至中级课程，本专业博士生和进行专题研究的硕士生需要掌握至高级课程。
- 学习方式：网络课程涉及的基本理论部分自学掌握，可通过论坛或者email向老师申请答疑，实践课程分观摩和实操两个部分，观摩可下载网络教程所提供的视频和虚拟实验，实操本实验室统一安排。基础课程和中级课程的理论和指定实验总按80学时设置，高级课程另外安排80学时的实验。
- 考核方式：笔试和实验两个部分，每个人有不同的题目，考核题目通过email发到考生信箱，考生在规定的时间到实验室完成考核。考核合格可获得自操作资格。（非本专业拥有自操作资格的学生上机免3成机时费，节假日免收加班费）
课程按照如下顺序展开：
- 生物电子显微技术绪论：电子显微镜的历史，生物电子显微学的特点，为什么开展这门课程，有哪些内容，如何学习本课程。
- 透射电镜的结构与操作：基础课程，欲善其事，先利其器，了解一下你的工具吧
- 常规超薄切片技术：基本课程，研究生命系统的超微结构。常规超薄切片FAQ
- 负染色技术与病毒研究：基础课程，研究悬浮态生物颗粒的形态，比如病毒。
- 电镜下的细胞：基础课程，认识细胞超微结构在电镜下的形态特征。
- 扫描电镜的结构与操作：基础课程，扫描电镜的进展十分迅速，这里是最基本的原理介绍和操作的普遍原则。
- 扫描电镜样品制备: 基础课程，生物样品因含水，其样品制备有其特殊性。
- 电镜细胞化学：中级课程，用于大分子相互作用及蛋白质功能研究。电镜细胞化学bySun
- 免疫电镜技术：中级课程，用于蛋白质功能研究。免疫电镜技术bySun
- 冷冻超薄切片技术：中级课程，生物超薄切片技术的必然发展，若干年后就是最普通的技术了，替代目前的常规超薄切片技术。revised by HJ
- 冷冻电镜单颗粒技术：高级课程，研究具有全同性生物超分子复合物的三维结构，比如病毒、核糖体、分子伴侣等。
- 电子晶体学实验技术：高级课程，经典技术，但是制样的难度太大，其解析生物大分子结构的能力完全可以同X射线技术相媲美。
- 电子断层成像技术：高级课程，生物超微结构研究最蓬勃的发展方向之一。
注：Wiki版网络教程以《生命科学中的电子显微技术》、《病毒的电子显微学研究方法》、生科院2006年网络实验教材项目为基础，授课内容将“生物电子显微学”和“冷冻电镜技术”合并为一门。
结构病毒学网络教程(Wiki版)
项目顾问：张景强
作者团队：张勤奋 李鲲鹏 何键
- 学习目标：本实验室实习及可能从事生物超微结构观察的非本专业研究生需要掌握基础课程，本专业硕士生需掌握至中级课程，本专业博士生和进行专题研究的硕士生需要掌握至高级课程，欢迎选修和旁听。
- 学习方式：网络课程涉及的基本理论部分自学掌握，可通过论坛或者email向老师申请答疑，实践课程限高级课程部分，熟悉常用的三维重构软件和图形图像处理软件，可在PC上练习，没有PC的同学可预约本实验室机时练习。
- 考核方式：口头答辩，每人准备一份某一专题结构病毒学研究最新进展的10分钟文献调研报告。由三名评委打分取平均作为本课考核成绩。
课程按照如下顺序展开：
- 结构病毒学绪论：什么是结构生物学、什么是结构病毒学，它的发展历史，为什么开展这门课程，有哪些内容，如何学习本课程。
- 研究病毒结构的基本方法：基础课程，为什么冷冻电镜单颗粒技术会逐渐成为研究病毒及超分子复合物结构的主流技术？X射线晶体学、NMR技术和冷冻电镜单颗粒技术进行概念性的介绍，比较各方法的特点。
- 病毒结构的数学定义：基本课程，生物系的学生不要头痛，这里只用到初等代数和初等几何的知识，一定很好理解，这些定义都是跟同行进行交流的常用术语。
- 病毒结构的生物学定义：基础课程，为什么要研究病毒结构？病毒是如何通过结构的变化来实现特定的生物学功能的?
- 呼肠孤病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第一个实例。
- 浓核病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第二个实例。
- 登革病毒/黄病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第三个实例。
- 小RNA病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第四个实例。
- 疱疹病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第五个实例。
- 乙肝病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第六个实例。
- 冠状病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第七个实例。
- 流感病毒的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第八个实例。
- 噬菌体的结构与功能：中级课程，介绍病毒结构学研究的第九个实例。
- MCM蛋白复合物的结构研究：中级课程，不止是病毒，还有超分子复合物，如MCM(minichromosome maintenance)蛋白复合物。第十个例子。
- 冷冻电镜单颗粒成像: 高级课程，如何得到一幅分辨率为原子量级的病毒照片。
- 单颗粒三维重构：高级课程，如何得到病毒的三维结构，原理、方法与实现。
- 结构拟合与同源建模：高级课程，X射线晶体学、NMR技术和冷冻电镜技术的结合，如何将一个原子分辨率的小蛋白结构拟合到纳米分辨率的结构中，如何从一个准原子分辨率的病毒结构预测其原子分辨率的结构。
注：“结构病毒学”Wiki版网络教程以《生命科学中的电子显微技术》、《病毒的电子显微学研究方法》为基础，授课内容为“结构病毒学”。Wiki网络教程与实际发布的web版不同，wiki版是随时更新的，更新到一定的程度就会发布新的web版，或出版新的纸质教材。
EMAN用户手册
项目团队：张勤奋、戴兴红
IMIRS用户手册
项目团队：张小康、戴阿光
Chimera 用户手册(中文翻译)
项目团队：戴阿光、赵鑫
Chimera是UCSF电脑图形实验室开发的一个功能强大的三维渲染软件，源代码公开，无论是用于三维数据研究还是演示，效果都比较好。因为是面向本专业冷冻电镜单颗粒三维重构的显示与分析，所以这里尽可能跳过非操作性的内容，面向实际应用，择要翻译成中文，其目标就是要显示一张MRC格式的三维结构图。希望高手能够不吝心得，共享经验与教程，供大家学习参考。
Amira 用户手册(中文翻译)
项目团队：张小康 胡若谷
Amira是由Visage Imaging公司开发的一个商业软件,三维渲染功能强大,无论是用于三维数据研究还是演示都能获得优秀的效果。因为是面向本专业冷冻电镜单颗粒三维重构的显示与分析，所以这里尽可能跳过非操作性的内容，面向实际应用，择要翻译成中文，其目标就是要显示一张MRC格式的三维结构图。希望高手能够不吝心得，共享经验与教程，供大家学习参考。
电镜服务工作流程
项目团队：李茵茵